Versiuni multiple ale programelor

    Mai multe dintre programele existente în cadrul serverelor din sistemul Cluster2 au mai multe versiuni instalate. Și cel mai probabil vor fi instalate și în viitor mai multe versiuni, pe măsură ce apar noi variante îmbunătățite ale programelor. Pentru a selecta varianta dorită în mediul Windows trebuie ales programul și versiunea dorită din cadrul meniului „All Apps” sau trebuie efectuat un clic asupra iconiței grafice corespunzătoare.

    În mediul Linux este disponibil un sistem care permite „încărcarea” setărilor de mediu necesare pentru a rula o aplicație (căi de căutare pentru executabile, căi de căutare pentru biblioteci link-editate dinamic, etc.). Astfel înainte de a lansa un program în execuție trebuie încărcat modulul corespunzător. Comenzile uzuale care pot fi folosite sunt descrise în continuare:

• module avail - afișează lista tuturor modulelor disponibile

[username@master ~]$ module avail  
-------------------------------------------------------- /home/app/modules/gromacs ---------------------------------------------------------
gromacs-2018.8-impi-fftw3      gromacs-2019.4-impi-fftw3      gromacs-5.1.5-impi-fftw3
gromacs-2018.8-impi-mkl-2018.4 gromacs-2019.4-impi-mkl-2018.4 gromacs-5.1.5-impi-mkl-2018.4
gromacs-2018.8-openmpi4-fftw3  gromacs-2019.4-openmpi4-fftw3  gromacs-5.1.5-openmpi4-fftw3
--------------------------------------------------------- /home/app/modules/ansys ----------------------------------------------------------
fluent-16.2   fluent-17.1   fluent-2019r1
--------------------------------------------------------- /home/app/modules/numeca ---------------------------------------------------------
finemarine-5.1   finemarine-6.2   finemarine-7.2_1 finemarine-8.1   finemarine-8.2
---------------------------------------------------------- /home/app/modules/lib -----------------------------------------------------------
impi-2018.4             mkl-2018.4              mpich-x86_64            openmpi-x86_64
intel-2018.4            mpich-3.2-x86_64        openmpi-4.0.2rc3-x86_64
[username@master ~]$

• module list - afișează lista tuturor modulelor încărcate
• module load <nume_modul> - încarcă un modul

[username@master ~]$ module list  
No Modulefiles Currently Loaded.
[username@master ~]$ module load openmpi-x86_64
[username@master ~]$ module list
Currently Loaded Modulefiles:
  1) openmpi-x86_64
[username@master ~]$ 

• module unload <nume_modul> - se scoate un modul din memorie, revenind la setările anterioare

[username@master ~]$ module unload openmpi-x86_64  
[username@master ~]$ module list
No Modulefiles Currently Loaded.
[username@master ~]$ 

• module purge - se scot toate modulele încărcate, revenind la setările anterioare

[username@master ~]$ module purge
[username@master ~]$ 

    Alți parametri ai comenzii module pot fi obținuți prin apelarea comenzii fără nici un parametru. 

    Observație: Sistemul Linux furnizează posibilitatea ca în linia de comandă să se autocompleteze numele unui fișier, unei comenzi sau a parametrului unei comenzi. Pentru a apela la mecanismul de autocompletare trebuie completate câteva litere din numele comenzii sau a parametrului dorit și apoi apăsată tasta Tab. Dacă există mai multe posibilități plecând de la prefixul care a fost scris se va completa textul în linia de comandă până unde există un trunchi comun al comenzii sau al parametrului dorit și apoi se va afișa o lista cu opțiunile existente. Trebuie scris un caracter în continuare pentru a permite sistemului să distingă din opțiunile existente pe cea dorită după care se poate apăsa iarăși tasta Tab. Acest mecanism de sugestie a comenzilor, numelor de fișiere sau a parametrilor unor comenzi este foarte util atunci când se dorește scrierea rapidă a unor linii de comandă lungi.

        Module existente

    Modulele care sunt configurate în sistem sunt descrise în continuare. Lista va fi completată pe măsură ce vor fi instalate noi programe sau noi versiuni ale programelor deja instalate.

• ansys
  • fluent-16.2 - Ansys Fluent CFD v. 16.2
  • fluent-17.1 - Ansys Fluent CFD v. 17.1
  • fluent-2019r1 - Ansys Fluent CFD v. 2019R1
• numeca
  • ​finemarine-5.1 - Numeca FineMarine 5.1
  • ​finemarine-6.2 - Numeca FineMarine 6.2
  • ​finemarine-7.2_1 - Numeca FineMarine 7.2_1
  • ​finemarine-8.1 - Numeca FineMarine 8.1
  • ​finemarine-8.2 - Numeca FineMarine 8.2
• gromacs
  • gromacs-5.1.5-impi-fftw3 - Gromacs ver. 5.1.5 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-5.1.5-impi-mkl-2018.4 - Gromacs ver. 5.1.5 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile Intel MKL v. 2018.4 pentru FFT
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-5.1.5-openmpi4-fftw3 - Gromacs ver. 5.1.5 care folosește bibliotecile OpenMPI 4 pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2018.8-impi-fftw3 - Gromacs ver. 2018.8 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2018.8-impi-mkl-2018.4 - Gromacs ver. 2018.8 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile Intel MKL v. 2018.4 pentru FFT
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2018.8-openmpi4-fftw3 - Gromacs ver. 2018.8 care folosește bibliotecile OpenMPI 4 pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2019.4-impi-fftw3 - Gromacs ver. 2019.4 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2019.4-impi-mkl-2018.4 - Gromacs ver. 2019.4 care folosește bibliotecile Intel MPI pentru paralelism și bibliotecile Intel MKL v. 2018.4 pentru FFT
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
  • gromacs-2019.4-openmpi4-fftw3 - Gromacs ver. 2019.4 care folosește bibliotecile OpenMPI 4 pentru paralelism și bibliotecile FFTW3 incluse în gromacs 
    Sunt disponibile atât variantele „single precision” cât și cele „double precision”
• lib
  • impi-2018.4 - Biblioteci pentru MPI de la Intel și mediul de dezvoltare corespunzător, versiunea 2018.4 pe 64 de biți
  • mpich-x86_64, mpich-3.2-x86_64 - Biblioteci MPICH 3.2 pentru MPI, versiunea de 64 de biți
  • openmpi-x86_64, openmpi-4.0.2rc3-x86_64 - Biblioteci OpenMPI 4.0.2rc3 pentru MPI versiunea de 64 de biți
  • mkl-2018.4 - Biblioteci Math Kernel Library de la Intel și mediul de dezvoltare corespunzător, versiunea 2018.4 pe 64 de biți
  • intel-2081.4 - Biblioteci pentru MPI de la Intel și mediul de dezvoltare corespunzător, versiunea 2018.4 pe 64 de biți, biblioteci Math Kernel Library de la Intel și mediul de dezvoltare corespunzător, versiunea 2018.4 pe 64 de biți și compilatorul Intel icc ver. 2018.4

Ultima actualizare: 19 februarie 2020