Referințe rapide pentru comenzile uzuale
Comenzi pentru job-uri:
Comanda | Funcționalitate | Utilizare | Exemplu |
---|---|---|---|
qsub |
trimite un job într-o coadă de execuție | qsub [script] | $ qsub exemplu.job |
qdel |
șterge un job din coada de execuție, determinând oprirea acestuia | qdel [id_job] | $ qdel 623 |
qstat |
afișează joburile |
qstat |
$ qstat $ qstat -q $ qstat -a $ qstat -f 623 $ qstat -r |
Fișierul pentru un job generic:
#!/bin/bash
#PBS -l select=24
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -N numele_jobului
#PBS -o ${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}
#PBS -e ${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}
#PBS -m ae -M $Această adresă de email este protejată contra spambots. Trebuie să activați JavaScript pentru a o vedea.
cd $PBS_O_WORKDIR
module load <numele_modulului>
comanda_pentru_programul_de_calcul_paralel
#PBS -l select=24
#PBS -l walltime=3:00:00
#PBS -N numele_jobului
#PBS -o ${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}
#PBS -e ${PBS_JOBNAME}.e${PBS_JOBID}
#PBS -m ae -M $Această adresă de email este protejată contra spambots. Trebuie să activați JavaScript pentru a o vedea.
cd $PBS_O_WORKDIR
module load <numele_modulului>
comanda_pentru_programul_de_calcul_paralel
Principalele directive PBS:
Directivă | Exemplu | Descriere |
---|---|---|
-l |
#PBS -l select=24 |
Specificarea numărului procesoare pentru job, repartizarea la nivelul nodurilor se va face automat de către sistemul de gestiune al cozilor de execuție |
-l |
#PBS -l select=2:ncpus24=mpiprocs=24 |
Specificarea numărului de noduri, a numărului de procesoare pentru fiecare nod și a numărului de procese MPI pentru fiecare nod. Numărul total de procesoare care vor fi alocate va fi produsul între numărul de noduri solicitate și numărul de procesoare solicitate. |
-l |
#PBS -l walltime=HH:MM:SS |
Timpul total solicitat pentru job |
-q |
#PBS -q <nume_coadă> |
Coada de execuție în care să fie pus jobul |
-n |
#PBS -n <nume_job> |
Numele jobului |
-o |
#PBS -o <nume_fișier> |
Numele fișierului unde va fi trimis fluxul STDOUT |
-r |
#PBS -e <nume_fișier> |
Numele fișierului unde va fi trimis fluxul STDERR |
-M |
#PBS -M <adresă_de_email> |
Adresa de e-mail către care vor fi trimise mesajele referitoare la evoluția jobului |
Ultima actualizare 21 februarie 2020